pacbio_data_processing

• pacbio_data_processing package
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  • Submodules
  • pacbio_data_processing.bam module
  • pacbio_data_processing.bam_file_filter module
  • pacbio_data_processing.bam_utils module
  • pacbio_data_processing.cigar module
    • Cigar
      • Cigar.__init__()
      • Cigar.diff_ratio
      • Cigar.number_diff_items
      • Cigar.number_diff_types
      • Cigar.number_pb_diffs
      • Cigar.number_pbs
      • Cigar.sim_ratio
  • pacbio_data_processing.constants module
  • pacbio_data_processing.errors module
    • MissingGooeyError
    • SMAMergeError
    • SMAPipelineError
    • high_level_handler()
  • pacbio_data_processing.external module
  • pacbio_data_processing.filters module
  • pacbio_data_processing.ipd module
  • pacbio_data_processing.logs module
  • pacbio_data_processing.methylation module
  • pacbio_data_processing.parameters module
  • pacbio_data_processing.plots module
  • pacbio_data_processing.sam module
  • pacbio_data_processing.sentinel module
    • Sentinel
      • Sentinel.__init__()
      • Sentinel._anti_aging()
      • Sentinel.is_file_too_old
    • SentinelFileFound
    • SentinelFileNotFound
  • pacbio_data_processing.sm_analysis module
  • pacbio_data_processing.sm_analysis_gui module
  • pacbio_data_processing.summary module
  • pacbio_data_processing.templates module
  • pacbio_data_processing.types module
  • pacbio_data_processing.utils module
  • Module contents